พระนางมาร์กาเร็ตทรงพยายามต่อต้านแต่ทรงถูกบังคับให้ยอมรับในสภาพความเป็นจริงทางการเมืองใหม่นี้ นอกจากนั้นในช่วงนี้ความปรารถนาของพระนางในการหย่าร้างได้เข้ามาครอบงำเหนือเรื่องอื่นๆ พระนางทรงพยายามที่จะใช้ข้อโต้แย้งรวมทั้งตำนานที่ถูกเชื่อกันอย่างกว้างขวางว่าพระเจ้าเจมส์ที่ 4 ไม่ได้สวรรคตที่ฟลอดเดน แม้จะมีการรัฐประหารในปีค.ศ. 1524 พระนางก็ยังทรงร่วมมือกับออลบานีอยู่เสมอ ซึ่งเขาพยายามทำตามพระราชประสงค์ของพระนางในปฏิบัติการที่โรม ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1527 สมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 7 ทรงตอบรับคำขอของพระนาง เนื่องจากสถานการณ์ทางการเมืองของยุโรปในขณะนั้นไม่มีความมั่นคงจนกระทั่งเดือนธันวาคม ซึ่งเป็นความโชคดีของพระนาง พระนางเสกสมรสกับเฮนรี สจวต ในวันที่ 3 มีนาคม ค.ศ. 1528 โดยไม่ทรงสนพระทัยคำเตือนที่เคร่งศาสนาของพระอนุชา ที่ทรงมองว่า การสมรสคือ 'พระลิขิตของพระเจ้า' และพระองค์ทรงต่อต้าน 'คำตัดสินที่น่าละอายซึ่งส่งมาจากโรม' ในอีกไม่กี่ปีต่อมา พระเจ้าเฮนรีทรงแตกหักกับโรมอย่างเห็นได้ชัดเนื่องจากพระองค์ไม่ได้รับ 'คำตัดสินที่น่าละอาย' ในแบบเดียวกับพระเชษฐภคินี (ทรงต้องการหย่า)

ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1528 ในที่สุดพระเจ้าเจมส์ที่ 5 ทรงปลดแอกพระองค์เองจากการปกครองของแองกัส ผู้ซึ่งต้องลี้ภัยอีกครั้ง และพระองค์ทรงเริ่มใช้พระราชอำนาจด้วยพระองค์เอง พระนางมาร์กาเร็ตทรงได้ประโยชน์ในช่วงต้นของการรัฐประหารนี้ พระนางและพระสวามีได้เป็นที่ปรึกษาในองค์พระมหากษัตริย์ พระเจ้าเจมส์ทรงแต่งต้งสจวตให้เป็นลอร์ดเม็ทเวน "สำหรับความรักที่เขาได้มอบให้พระมารดาที่รักยิ่งของพระองค์" มีการเล่าลือซึ่งไม่มีมูลว่า สมเด็จพระพันปีหลวงมีพระราชประสงค์ให้พระราชโอรสอภิเษกสมรสกับ เจ้าหญิงแมรีแห่งอังกฤษ พระราชนัดดาของพระนาง แต่พระนางก็ทรงเป็นเครื่องมือที่นำไปสู่ข้อตกลงสันติภาพอังกฤษ-สกอตแลนด์ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1534

จุดมุ่งหมายในพระชนม์ชีพทางการเมืองของพระนางมาร์กาเร็ต นอกเหนือจากความมั่นพระทัยว่าพระนางทรงสามารถอยู่รอดได้ ก็คือการนำมาซึ่งความเข้าใจอันดีระหว่างอังกฤษและสกอตแลนด์ ซึ่งเป็นสิ่งที่พระนางทรงผ่านมาได้อย่างยากลำบาก พระเจ้าเจมส์ไม่ทรงวางพระทัยในพระเจ้าเฮนรี พระมาตุลา เนื่องจากพระองค์ยังทรงสนับสนุนแองกัส ผู้ซึ่งพระเจ้าเจมส์ทรงเกลียดชังอย่างต่อเนื่อง แม้จะเป็๋นเช่นนั้น แต่ในช่วงต้นปีค.ศ. 1536 พระมารดาของพระองค์ได้โน้มน้าวให้พระองค์พบกับพระอนุชาของพระนาง นับเป็นช่วงเวลาที่พระนางประสบความสำเร็จและทรงเขียนถึงพระเจ้าเฮนรีและโทมัส ครอมเวล ซึ่งเป็นประธานคณะที่ปรึกษาอังกฤษในขณะนั้น โดยทรงบอกว่ามันเป็น "คำแนะนำของเราและไม่มีบุคคลอื่นใดอีก" พระนางทรงมองหาโอกาสวาระที่ยิ่งใหญ่ดังเช่น การพบปะที่ทุ่งภูษาทองและทรงใช้พระราชทรัพย์จำนวนมากในการจัดเตรียม แต่ในท้ายที่สุดก็ไม่เกิดสิ่งใดขึ้นเนื่องจากมีเสียงคัดค้านจำนวนมากและข้อค้านที่ว่าพระเจ้าเจมส์ไม่ควรถูกควบคุมโดยพระมารดาหรือคนอื่นใด ในการพูดคุยส่วนพระองค์กับวิลเลียม ฮอเวิร์ด ทูตอังกฤษ ได้ระบุว่า พระนางทรงผิดหวังอย่างเห็นได้ชัด ทรงสารภาพว่า "ข้าเบื่อและเหนื่อยกับสกอตแลนด์จริงๆ"[15] ความเบื่อหน่ายของพระนางได้นำไปสู่การทรยศพระเจ้าเฮนรีอย่างลับๆ

ความเบื่อหน่ายสกอตแลนด์ที่ทรงได้รับ และตอนนี้พระนางทรงต้องเหน็ดเหนื่อยกับลอร์ดเม็ทเวนมากขึ้น ซึ่งพิสูจน์ได้ว่าเขานั้นเลวร้ายยิ่งกว่าแองกัสซึ่งเขาปรารถนาในหญิงอื่นและพระราชทรัพย์ของพระนางด้วย นอกจากนี้พระธิดาเพียงองค์เดียว (น่าจะมีนามว่า โดโรเธีย สจวต) ก็เสียชีวิตตั้งแต่ยังเยาว์[16][17] พระนางทรงพยายามดำเนินการหย่าร้างตามกฎหมายอีกครั้งแต่พระเจ้าเจมส์ไม่ทรงเห็นด้วย ซึ่งพระนางทรงเชื่อว่าพระสวามีของพระนางได้ติดสินบนไว้ พระชนม์ชีพของพระนางมาร์กาเร็ตมักจะไม่มีความสุขและเป็นเรื่องโศกนาฏกรรมที่ตามติดมาด้วยอุบายและเรื่องชวนหัว ในจุดนี้พระนางทรงพยายามหลบหนีไปยังชายแดน แต่ก็ทรงถูกจับกุมและนำพระองค์กลับมาเอดินเบอระ และพระนางทรงเขียนจดหมายถึงพระเจ้าเฮนรีอีกครั้ง ทรงอธิบายถึงความทุกข์ยากของพระนางและทรงวิงวอนขอทรัพย์และความคุ้มครอง พระนางทรงปรารถนาที่จะมีพระชนม์ชีพอย่างสุขสบาย แทนที่จะถูกบังคับ "ให้ปฏิบัติตามพระโอรสเหมือนกับสุภาพสตรีที่ทุกข์ยาก"

ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1538 สมเด็จพระพันปีหลวงมาร์กาเร็ตทรงต้อนรับแมรีแห่งแห่งกีส พระมเหสีจากฝรั่งเศสพระองค์ใหม่ของพระเจ้าเจมส์ สตรีทั้งสองพระองค์นี้ซึ่งเป็นบุคคลที่น่าเกรงขามที่สุดในประวัติศาสตร์สกอตแลนด์ ได้สร้างความเข้าใจอันดี สมเด็จพระราชินีแมรีทรงพยายามทำให้มั่นพระทัยว่าพระสัสสุ ซึ่งในตอนนี้ทรงประนีประนอมกับลอร์ดเม็ทเวลแล้ว จะทรงปรากฏพระองค์ในราชสำนักบ่อยขึ้น และได้มีรายงานถึงพระเจ้าเฮนรีว่า "พระราชินีสาวทรงเป็นโรมันคาทอลิกทั้งกายและใจและพระราชินีชราก็ไม่ทรงน้อยไปกว่ากัน"